normalmente uma base de dados está numa pasta específica com o mesmo nome da base de dados, no Ubuntu por exemplo, estas pastas encontram-se dentro de /var/lib/mysql.
Para recuperar/corrigir bases de dados MySQL existe um comando que faz isso "automaticamente", abaixo o comando:
myisamchk --safe-recover /var/lib/mysql/BD_XYZ/*.MYI
O *.MYI processa TODAS as tabelas da base de dados BD_XYZ.
Algum cuidado com este comando pois todos os registos das tabelas são verificados pelo que aconselha-se que se pare o serviço mysql durante esse recuperação para evitar registos corrompidos e evitar também que a taxa de ocupação da CPU nesse momento (o comando em si é "pesado") não interfira com o mais nada (especialmente se for um servidor em produção).
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